拜折后的第二天，曾国藩将督署内参与军机赞画的幕僚们召集起来，向他们宣布立即大规模裁撤湘军的决定。幕僚们齐声赞同，都说这是一个极为重大的明智之举。有的说，江宁城军营里的官勇越闹越不像话了，不遣散，迟早会出大乱子的。有的还拿当年川楚白莲教平息之后，团练相继解散的前事作例子，说明大乱平定后非经制之师只有自动消除，才能使朝野静谧、相安无事的道理。还有的说，当年平川楚白莲教的团练，是分散掌握在各省督抚手中，没有一支多达万人的大部队，而现在湘军主力有十多万，均听曾中堂一人调派，因而裁撤一事更显得急迫，而由此也更证明曾中堂示大公于天下的赤诚之心，将永远受到后世的景仰，为乱臣贼子所惧。幕僚们的称颂，使曾国藩欣慰，也使他的信心更加坚定了。不过，幕僚们也都谈到无银子付清欠饷，将是裁军所面临的第一大难题。
湘军自咸丰三年组建以来，十余年间，户部几乎没有直接拨过饷银，除个别省份协济小部分外，其余都由湖南一省承担。湖南素来商贾不发达，充全省岁入不及苏松间一大县，如何能负担十多万人庞大的军队，应付十多年旷日持久的战争？于是湘军的军饷便常常不能及时如数发放，拖欠三五个月、支发三五成是常事。为了安定军心，鼓舞士气，恶劣的统领则公开煽动部下去掠夺百姓的钱物，去洗劫打下来的仓廪库房。稍有头脑的统领虽不煽动，但对部下的这些暴行也不加制止，这也是湘军日趋腐败的一个重要原因。即使是吉字营，虽说从上到下，都得到了多少不等的不义之财，但名义上他们的欠饷也达四个月之久，总数近一百万两。至于其他军营，也有四五个月的，也有六七个月的，都比吉字营严重。幕僚们都问：这个难题如何解决？曾国藩请他们献计献策，帮助解决这个难题。同时又表示，不管这个难题能否解决，裁军都要坚定不移地进行。
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他分别给吉字大营、老湘营、果字营、霆军、正字营以及长江水师、宁国水师、太湖水师、淮扬水师统领们下达裁军的命令，限他们在十五天内到江宁城禀报本营裁撤步骤。又给李鸿章、左宗棠发出咨文，通报这个重要情况。
几天后，城内城外的吉字营五万陆军和从大胜关到草鞋峡的长江水面上的两万水师，无论将官和勇丁，几乎人人都在谈论裁军的事。从心情上来说，有不少人愿意早日脱下戎装，回籍与家人团聚。这些人中，有的是年岁大了，厌倦军旅生涯；有的是打金陵时发了大财，急于回家去做财东地主；也有的从军十多年，经事多了，阅历广了，对连年无休无止的战争的思考也逐渐深化起来，尤其是金龙殿前那场亘古未闻的自焚悲剧，更强烈地刺激了他们：都是骨肉同胞，为何要这样你死我活地互相残杀？他们不可能得出什么明确的答案、合理的解释，只有离开了事，如此，心灵方可平衡一些。
但也有相当多的人不想离开湘军回原籍。多年的军营生活养成了他们飘泊、冒险、嫖赌、斗殴、吃现成饭、用大把钱的习气，他们不屑于再做单调、贫寒、勤俭、规矩的乡下佬。这批人多为没有抢到大量钱财的普通勇丁。至于将官，则几乎无人赞同撤军。将官的威风，来源于他手下成百上千的勇丁。一旦撤离了军营，回到老家，昔日的威风便大半丢掉了，就连一个小小的什长，在军营里也管十个俯首帖耳的弟兄，回家后，哪来的这些人听他的支派？因为这些原因，撤军的命令下达十来天了，江宁城内外数百个营哨，没有一点执行命令的迹象。社会秩序反而更坏了，抢劫、群斗、杀人、放火、强奸、滥赌等恶性事件到处发生，全都是吉字营勇丁做的案。各级军官不但不管束，反而参与其事。
吉字营统帅曾国荃原本就不赞成大哥这种自剪羽翼的做法。这个从小就在荷叶塘出了名的犟九爷，一贯认为天地间是强者的世界，而乱世中的强者，就是握刀把子的人，有了刀把子就有了一切。当年，他就是凭着这个信念积极募勇建营，奔赴与太平军作战的前线，而且也用这个信念去教育他手下那批营官哨官。这些年来他已尝到了手握刀把子的甜头，岂愿轻易丢弃？况且大哥的自剪羽翼，第一刀便是要剪掉吉字营。眼下长毛未净，捻乱方炽，正可利用这个作为借口，加强湘军力量，拥兵自重，即使不想造反，也不能让别人欺侮自己呀！
曾国荃这个观点在吉字营中有着深厚的思想基础，正是代表了各营新贵们的想法。现在，尽管统帅已离开军营回籍，部属们仍奉行这种观念。死的死，走的走，吉字大营留在江宁城里受封职位最高的要算骑都尉朱洪章了。于是彭毓橘、刘连捷等人推举朱洪章到督署，抬出欠饷一项来与曾国藩摊牌：撤军可以，但先得拿出一百万银子出来，把欠饷发下，否则，对不住提着脑袋血战多年的弟兄们。曾国藩明知吉字营官勇有的是钱，根本不在乎这点欠饷，但又不能点破。在朱洪章貌似充足的道理面前，曾国藩竟然一时语塞，因为他根本就筹集不出这笔巨款来。
朱洪章占了上风，回去一鼓动，吉字大营官勇们抗拒撤军的劲头更足了。他们借酒撒野，有的破口大骂朝廷忘恩负义、过河拆桥，有的甚至公开扬言要扯旗造反。曾国藩面对这种混乱局面，又恨又怕，心中烦躁不安。几天后，他收到了李鸿章的信和闽浙督署的公函。
李鸿章的信竭力恭维恩师此举为旷代奇闻，上合天心，下孚众望，务必排除万难坚决进行下去，以达到预期目的。又说淮军理应效法湘军大量裁撤，只是目前各营都在追杀长毛余部，还不到撤的时候，且恩师当年说过，要以淮民平淮捻，淮军作为淮民的团勇，不能须臾忘记自己的职志，待到天下乂安，干戈化为玉帛之时，他一定要把全部淮军一个不留地撤掉。
湘军统帅的高足，与他的恩师既有相像之处，更有不同之处。他不畏人言，办事也没有太多的顾虑。他亲手创建的淮军，决不能在自己的手里撤除，也不容许别人插足。在他的眼里，淮军正好比丽日中天，兴旺已极，且今后还有大显身手的时候，如何能撤？至于以后全部撤掉云云，那不过是附和恩师心思的几句漂亮话而已，原不是他的本意。恭维撤军的背后，深藏着他自己的一套如意算盘：湘军撤除了，今后淮军便独步天下，再无抗衡的力量了。况且还可以趁着这个时机，把湘军中那些会打仗的将官吸引到淮军中来，千军易得，一将难求，这真是淮军壮大的良机！
闽浙总督衙门的公函说的全是左宗棠的话：楚军别是一军，受朝廷节制，与湘军无关，撤军是湘军的事，楚军不过问，亦不会仿效；撤与不撤，当以朝廷下达的圣旨为断。
曾国藩撤湘军，原本就不指望淮军和楚军效尤，这两封函札，并没有对他产生影响，倒是吉字营将官的反对和城里勇丁的胡作非为，引起他的严重不安。张运兰、萧启江来到江宁，诉说撤军的千难万难。老湘营、果字营的欠饷更为严重，官勇们扬言，朝廷若不补足饷银，他们就不离开军营。
鲍超从闽赣边界之地飞马来江宁。他对曾国藩说，前不久赵烈文奉命表示霆军暂不撤，现在忽然又要撤了，大家都没准备，而且还有一半的欠饷未发，如何向弟兄们交代？
淮扬水师统领黄翼升、宁国水师统领李朝斌也乘快艇前来禀报：水师官勇一贯清苦，长期在水上栖息，大部分都染上了风湿病，如今要裁撤回籍了，弟兄们提出两点要求：一是补足历年欠饷，二是发放一点伤病费，以便老了不能种田了，能有一口饭吃。曾国藩听了心里冷笑：欠饷都不能补齐，何谈伤病费！水师有伤病，陆军就没有伤病？
湘军的裁撤是如此艰难，使两江总督一等侯又一次陷于困境。但无论从哪方面来说，裁撤一事都是势在必行，绝不能有丝毫动摇，也再不能像前段时期那样暂缓了。曾国藩将各种阻挡裁军的因素一一作了分析，认为无银子补足欠饷固然是一个很重要的因素，但不是决定的因素。湘军各个军营都有欠饷，这是事实。不过，他心里有数：这些年来，有几个勇丁不发财的！将官就更不用说了。财路来自于抢掠和打胜仗时的战利品，几两银子一个月的薪水，对他们来说实在是很次要的。决定的因素在于各级将官情绪上的抵触，是他们本身不愿意撤。撤了，他们既失去了权柄，也失去了继续发财的机会。对于这批头脑简单的武夫，道理讲得再多都是空的，起作用的只能是严刑峻法。
严峻到哪种地步呢？曾国藩紧锁三角眉，在书房里踱步思索。突然，他想起了十年前在王衙坪接受船山后裔赠剑的席上，老岳父送给他的那首古剑铭：“轻用其芒，动即有伤，是为凶器；深藏若拙，临机取决，是为利器。”心里顿时有了主意。