局势的发展，许多方面都出人意表。第一，常州在李鸿章部下郭松林、刘铭传、周盛波、张树声及常胜军戈登合力猛攻之下，于四月初六克复，接着久守镇江的冯子材进克丹阳。大家都以为这两支军队会师以后，一定乘胜西趋，直扑金陵，为曾国荃助攻。哪知李鸿章尽管朝旨催促，却以伤亡过重，亟须整补为名，按兵不动。这是为左宗棠、胡雪岩所预料到的，李鸿章不愿分曾国荃一心想独得的大功，有意作态。
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第二，是“天王”洪秀全忽然下了一道有如梦呓的“诏令”，说“即上天堂，向天父天兄，领到天兵，保固天京”。过了两天，“天王”服毒自尽，实现了他“上天堂”的诺言。接位的是洪秀全的十六岁儿子，名叫“洪天贵福”，称号唤做“幼天王”。
消息外传，都知道曾国荃成大功在即，颇有人高吟杜少陵的“青春作伴好还乡”，作乱后重整家园之计。而京里重臣、京外督抚，有良心，肯做事的，亦都在默默打算，曾国荃一下金陵，太平天国十余年的积聚，尽萃于“天王府”，足可用来裁遣将士，恢复地方，固然，金陵所得，必是用于江南及湘军，但应解的协饷，可以不解，就等于增加了本地的收入。
像左宗棠就是打着一把如意算盘，认为曾国荃一克金陵，广东便将复成浙江的饷源。他曾跟胡雪岩谈过，到那时候，要专折奏，派他到广东去会办厘捐。胡雪岩口头一诺无辞，其实不当它一回事，在他看来，此事渺茫得很，只是不便扫左宗棠的兴，所以只是唯唯敷衍而已。
在李鸿章所拨借的炮队协攻之下，曾国荃所部在五月底攻占了“龙膊子”，其地在江宁城外东北的钟山之巅，居高临下，俯瞰全城。此地一失，“忠王”李秀成束手无策了。
曾国荃用兵，独得一“韧”字，苦苦围困到这般地步，要韧出头了，更不肯丝毫怠慢，下令各营，由四面收束，直往里逼，逼近城下，昼夜猛攻。而真正的作用是，借无时或已的炮声，遮掩他挖掘地道的声响。
金陵围了两年，曾国荃从朝阳门至钟阜门，挖过三十多处地道，有时是“落磐”，挖地道的士兵随死随埋，丛葬其中，有时是为长毛所发觉，烟熏水浇，死者论百计。有一次快成功了，地道内的士兵，忽然发现一枝长矛刺了下来，其实是长毛行军休息，随意将矛一插，而官军轻躁没脑筋，使劲将那枝矛往下拉，长毛始而大骇，继而大喜，掘地痛击，功败垂成，死了四百人之多，都是朱洪章的部下。
朱洪章是贵州人，也是曾国荃部下高级将领中，唯一的非湖南人。因为孤立其间，不能不格外卖力，免得遭受排挤。曾国荃亦很看重他，一直保到提督衔记名总兵，派他经理营务处。此时再挖地道，由他与记名提督河南归德镇总兵李臣典共同负责。
从六月初八开始，日夜不停，挖了七天才挖成，填塞炸药，可以作最后的攻击了。曾国荃问部下诸将：哪一营“头敌”，哪一营“二敌”？
诸将默无一言，便按官职大小，个别征询。官阶最高的是萧孚泗，已经补上福建陆路提督，他依旧沉默，便只好问李臣典了。
李臣典倒愿打头阵，但要朱洪章拨一两千精兵给他。朱洪章表示：“既然如此，不如我来当头。”事情便这样定局，还立了军令状，畏缩不前者斩！
六月十六日正午，由朱洪章下令施放炸药。地道中的炸药有三万斤之多，进口之处用巨石封固，另外以极粗的毛竹伸入地道，内用粗布包炸药填塞，作为引线，引线点燃以后，但闻地底隐隐如雷声，却不爆发。天空中的骄阳，流火铄金一般，炸药绝无不燃之理，万千将士挥汗屏息，等得焦灼不堪。这样过了一个钟头之久，地底连那隐隐雷声都消失了。
过去亦常有不能引发炸药的情事，这一次看起来又是徒劳无功。各营将士，无不失望，正准备先撤退一批部队，分班休息时，突然间，霹雳之声大作，仿佛天崩地裂似的，太平门的一段城墙，约有二十多丈长，随烟直上，耸得老高，成为闻所未闻的奇观。
这有个说法。明太祖建都南京，洪武二年始建都城，征发大量民夫，花了四年工夫，方始完工，周围六十一里，不但比北平城周四十余里，西安城周二十四里都大，而且亦是世界第一大城。
南京城不但大，而且高，平均都在四十尺以上。大与高之外，最大的特色是坚，城以花岗石为基，特为烧制的巨砖为墙，砖与砖之间，用石灰泡糯米浆水砌合。全城告成，再以石灰泡糯米浆水涂敷，所以在城外随便指一处敲击，都会显出白印。五百年来刀枪不入，水火不侵的城墙，毕竟还敌不过西洋的炸药，只是被炸以后，砖砖相砌，过于坚牢，所以才会造成二十余丈长的整段城墙，飞入空中的奇观。后来知道，这段城墙飞出一里多外，裂成数段落地，打死了数百人之多。
在当时，朱洪章奋身向前，左手执旗，右手操刀，大呼上城。于是九门皆破，有所谓“先登九将”，除朱洪章、李臣典、萧孚泗以外，还有记名总兵武明良、熊登、伍维寿、提督张诗日、记名按察使刘连捷、记名道员彭毓橘。
捷报到京，自然要大赏功臣。据说文宗在日，曾有诺言：平洪杨者封王。但清朝自三藩之后，异姓不王，甚至封公爵的亦没有。因此，亲贵中颇有人反对实现文宗的诺言，形成难题。最后是慈安太后出了个主意，将一个王爵，析而为四，曾国藩功劳最大，封侯，其次是曾国荃，封伯，接下来是一个子爵、一个男爵，封了李臣典和萧孚泗。
朝旨一下，朱洪章大为不服。论破城当日之功，他实在应该第一，首先登城，生擒伪勇王洪仁达，占领“天王府”。而曾国荃奏报叙功时，却以李臣典居首，据说，当朱洪章占领“天王府”，看守到黄昏时分，李臣典领兵驰到，自道“奉九帅之命接防”。于是“天王府”归李臣典的控制，看守到第二天上午八点钟，光天化日之下，“天王府”无缘无故起火，烧得精光。事后曾国荃奏报，搜索“天王府”除了一颗伪玺以外，什么都没有了。
李臣典叙功居首的奥妙是如此！朱洪章在“先登九将”中甚至不如萧孚泗还落得一个五等爵末位的“一等男”，他所得的恩典，是“无论提督总兵缺出，尽先提奏，并赏穿黄马褂，赏给骑都尉世职”，虽亦不薄，但名列第三，太受委屈。
一口气咽不下，朱洪章去找“九帅”理论。曾国荃大概早有防备，应付之道甚绝，他说：“我亦认为你应居首功。但叙功的奏折，是由我老兄拜发，听说是他的幕友李某捣鬼。”说着，从靴页子里拔出一把雪亮的刀子，倒持着递向朱洪章，“你去宰了那个姓李的。”
朱洪章为之啼笑皆非。但李臣典亦如黄粱一梦，锡爵之恩，黄马褂、双眼花翎之荣，竟不克亲承宠命，恩旨到时，已经一命呜呼。据曾国荃奏报，说他攻城时，“伤及腰穴，气脉阻滞”，因而于七月初二日不治出缺。却又有人说，李臣典死在“牡丹花下”——破城之日，玉帛子女，任所取携，李臣典一日夜之间，御十数女子，溽暑不谨，得了“夹阴伤寒”，一命呜呼！当然，这是私下的传说，反正死因如出于床笫之间，真相是再也不能水落石出的。
萧孚泗的封男爵，亦有一段故事。
当城破无可为计时，李秀成在乱军中带着一个亲信书童，出通济门往东南方向逃走，目的是越过茅山，经溧阳、长兴到湖州，与由杭州遁走的长毛会合。
走到一处叫方山的地方，撞见八个樵夫，其中有人认识他，却确不定，便冒叫一声：“忠王！”
李秀成一看行藏被人识破，便长跪相求：“哪位领路带我到湖州，我送三万银子酬谢。”
说着，他与他的书童都将袖子抹了上去，但见四条手臂上，戴满了金镯子，另外有一匹马，驮着一只箱子，看上去并不大，可是压得马的腰都弯了，可以想见其中装的是金银珠宝。
这八个樵夫见此光景，大起贪心，一方面想侵吞李秀成的钱财，一方面还想报功领赏。于是这八个人将李秀成主仆骗入山下的“涧西村”，公推一个姓陶的去向官军报信，目的地是驻扎太平门外的李臣典营中，因为姓陶的有个同族弟兄是李臣典的部下，托他转报，比较妥当。
姓陶的经过钟山，又饥又渴，想起这里是萧孚泗的防区，营中有个伙夫，因为供应柴草的关系而熟识，不妨到他那里歇脚求食。
姓陶的得意忘形，休息闲谈之间，透露了生擒李秀成的经过。这个伙夫便转告亲兵，亲兵转报萧孚泗，姓陶的便注定要做枉死鬼了。
一番秘密嘱咐，将姓陶的好酒好肉款待，萧孚泗自携亲兵二十多人，烈日下疾驰到涧西村，将李秀成手到擒来，价值十余万银子的金银珠宝，亦归掌握。姓陶的被一刀斩讫，借以灭口，不过萧孚泗总算还有良心，没有杀那个伙夫，给了他五颗上好的珠子，一匹好马，暗示他连夜“开小差”，走得越远越好。